自 2012 年「反台南鐵路東移自救會」集結全線 323 戶不同意戶展開陳抗以來，拆遷戶與法律團隊歷經了內政部都市計畫委員會審議、環境影響評估，以及長達五年的行政訴訟程序。
自救會的核心主張，聚焦於質疑為何 1996 年原案規劃為原軌地下化（施工期間向東側民地臨時借地），到了 2009 年行政院核定版本卻轉變為需辦理土地徵收的東移方案。
然而，司法審查的最終結果並未支持自救會的訴求。高雄高等行政法院與最高行政法院最終均認定，行政機關對重大交通建設具備合法的專業判斷餘地，審酌東移地下化方案在兼顧施工安全、消除平交道瓶頸與長期都市整合等考量下，符合公益性與必要性，因而駁回居民全部上訴，使後續的強制執行具備法律效力。
在具體個案上，長達十餘年的爭議以自救會訴訟定讞、開元路黃宅拆除完成而結束。但在法制運作與公法學術討論中，南鐵案引發的廣泛思辨，成為檢驗重大公共工程決策程序與土地徵收制度的重要案例。
行政法院在審理重大公共工程案件時，常基於權力分立原則，尊重主管機關在工程技術與規劃上的行政裁量權；這與公民團體主張居住權應受嚴格比例原則檢驗的立場，形成了實務運作上的落差。
在此案審理過程中，法院傾向採信交通主管機關所提出的工程安全與可行性技術評估，對於民間專家提出的原軌工法或借地替代方案，則因涉及高度專業裁量而採取較為限縮的審查密度。這種司法審查模式，使行政訴訟在面對巨型公共建設時，往往難以實質推翻行政機關的前期規劃，也引發了受徵收對象對於司法救濟實效性的質疑。
然而，從整體制度演進來看，南鐵案的長期爭議對台灣公共工程的決策機制產生了外溢影響。
拆遷戶長年的法律攻防與社會倡議，促使公法學者與立法機關重新檢視《土地徵收條例》第三條之二關於「公益性與必要性評估」的審查品質，避免評估報告流於形式化作業。此案後續也直接帶動了社會對重大開發案程序正義的重視，推動了桃園航空城及各類產業園區開發案在面臨土地徵收爭議時，行政機關對召開正式行政聽證與預備程序的重視程度。
南鐵案的歷程突顯出，重大公共建設若要兼顧執行效率與公信力，必須在可行性研究與都市計畫審議初期，建立客觀透明的技術對話平台與嚴謹的替代方案評估機制，這也為台灣未來的土地徵收制度留下了重要的法制反思。
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